Guehrer, som slog Alshammars världs- rekord på distansen på kortbana i vintras, var sju hundradelar bakom.
Sarah Sjöström, som satte nordiskt rekord på 100 meter fjäril i går, satte nytt svenskt juniorrekord på 100 meter fritt i dag. Sjöströms 55.08 räckte till en fjärdeplats.
Libby Trickett, OS-tvåa på distansen förra året, vann loppet på 53.87.
På herrsidan blev Stefan Nystrand fyra på 50 meter fritt på 22.38. Slagen av brasilianaren Cesar Cielo Filho som vann på 21.97.