Det blev en rafflande avslutning där finskan Virpi Kuitunen slog till med en urstark spurt.
Kowalczyk såg ut att gå mot en klar seger men Kuitunen var 0,3 sekunder före i mål.
Det var soligt i Bormio men snön var en enda sörja och det var tungt för många.
Charlotte Kalla hade en hopplös uppgift när hon gick ut 2.41 efter täten från start. Svenskan kom på 18:e plats, 3.10 efter Kuitunen.
Kalla brukar aldrig tala om resultatmål. Men efter fullbordat faktum kröp det fram:
-Jag hade satt upp som mål för mig själv efter Lahtis att jag så himla gärna skulle vilja vara på pallen. Men det har jag hållit för mig själv. Det kanske är därför jag är lite arg nu, sade en djupt besviken Kalla.
Att hon som förstaårssenior haft sensationella framgångar - Tour de ski gjorde henne över en natt till rikskändis - ville hon inte ta till sig efter målgången i Santa Caterina.
-Jag orkar inte tänka på hur säsongen varit just nu. Nu är det skit, sade hon.
Skidstjärnan deltog i masstartsloppet Homerun nerför Åreskutan. Jon Olsson vann och för Petter Northug blev det omkring en 20:e plats, av 500 startande.
SVT Play
