Den 27-åriga belgiskan, som vann Australian Open i början av året, säkrade förstaplatsen på rankingen efter kvartsfinalsegern i Paris WTA över australiskan Jelena Dokic med 6-3, 6-0.
-Jag är väldigt glad att vara världsetta igen, sade Clijsters efter att ha tagit emot vinnarpokalen ur förra storspelaren Amelie Mauresmos hand.
Clijsters låg under med 3-0 i första set mot Dokic, men vände till seger efter att ha tagit tolv raka game.
Wozniacki har varit ifrågasatt som världsetta eftersom hon inte vunnit någon Grand Slam-turnering och ändå varit topp-rankad.
För Clijsters del är det fjärde gången hon rankas som världens bästa spelare. Hon blev världsetta som 20-åring 2003, och var rankad som etta ytterligare en gång det året, samt en gång under 2006.
Super-belgiskan har gjort en enastående comeback sedan hon drog sig undan från tennisen för att föda en dotter 2007.
Bara veckor efter hon gjort comeback 2009 vann hon US Open.