Spelarna hade svårt att anpassa sig till blåsten på centercourten i de inledande gamen, där Nadal bröt tjeckens serve i det andra och sjundeseedade Berdych bröt tillbaka direkt.
Men spanjoren fick upp ångan i första setets tiebreak där han drog ifrån till 5-0 för att sedan vinna med 7-1. Efter det släppte han aldrig greppet om matchen. -Det var svårt med vinden men jag spelade ändå bra, sa världstvåan efteråt.
I semifinalen väntar vinnaren i mötet mellan cyprioten Marcos Baghdatis och serben Novak Djokovic.
Berdych, som i går slog ut Jonas Björkman, var efter förlusten besviken och klagade på vinden. -Jag tycker inte om den här sortens förhållanden på banan. Jag tycker inte det är bra för sporten, sa den 21-årige tjecken.