Zlatan Ibrahimovic satte en straff i 49:e minuten efter en omdiskuterad tät situation där en Napoli-spelare varnades för hands. Milan tryckte på rejält och vann rättvist.
Zlatan var hårt uppvaktad och fick skjuta från svåra lägen. I stället klev Pato fram och blev matchvinnare. Pato passade kyligt fram Boateng till 2-0 och gjorde 3-0 på egen hand efter löpning från mittcirkeln och en iskall lobb i krysset.
-Det är en förmån att få spela för det här laget, ett lag fullt med mästare. Jag gör bara mitt jobb, säger Pato.
Bollen på armbågen San Siros matta var regnhal och det var många som halkade i början, inte minst Zlatan. Napolis hårda markering av svensken öppnade upp för Robinho och Pato och offensive mittfältaren Mark van Bommel.
Milan hade överlägset mest bollinnehav men Napolis backlinje med Cannavaro i spetsen gjorde ett bra arbete - i alla fall i första halvlek.
Milan-spelarna ville ha två straffar tidigt, bland annat när Zlatan fälldes, men domaren friade.
När sedan Salvatore Aronica fick bollen på armbågen i kamp om bollen på Milans förlängda mållinje blåste domaren straff.
Napolis spelare blev vansinniga. Zlatan ställde sig direkt vid straffpunkten och väntade ut "upproret". Han sköt sedan in straffen lågt vid målvaktens högra stole.
Nu väntar Juventus Boateng böt av Robinho efter en timmes spel och gjorde 2-0 en kvart senare.
Napolis stjärna Edinson Cavani, som gjort 20 mål den här säsongen, syntes knappt.
Milan har nu fem poängs försprång till Inter och sex till Napoli med elva matcher kvar att spela.
Nästa helg blir det en ny stormatch när Milan möter Juventus. och den 3 april väntar toppderbyt mot Inter. Senast Milan vann scudetton var 2004.