Vid en klinik hotades de somalier som är anställda där och patienternas journaler konfiskerades.
Läkare utan gränser, som protesterar mot det skedda, kräver att parterna i konflikten i Somalia ska respektera internationella lagar och garantera de medicinska institutionernas säkerhet.
I går intog den provisoriska regeringens trupper med hjälp av etiopiska styrkor huvudstaden Mogadishu sedan islamistmilisen dragit sig tillbaka.