Det meddelar den österrikiska nyhetsbyrån APA, enligt Reuters.
En talesman för partiet uppger att beslutet att överklaga fattats av FPÖ:s partiledare Heinz-Christian Strache.
Redan inlämnad
En inlaga på 150 sidor har redan lämnats in till landets författningsdomstol, skriver APA. Där pekar FPÖ främst på vad man anser vara ”oegentligheter” vid hanteringen av valsedlar, säger en talesman till nyhetsbyrån.
Enligt de siffror som lämnades av inrikesministeriet efter valet vann Alexander Van der Bellen med 50,3 procent av rösterna, mot 49,7 för FPÖ:s Norbert Hofer, skriver Reuters.
Van der Bellen, som tidigare varit partiledare för de Gröna, ställde upp som oberoende.
Sista dagen
I dag var formellt sista dagen att lämna in överklaganden av valresultatet. Enligt grundlagen ska domstolen lämna besked inom fyra veckor.
Enligt planerna ska Van der Bellen tillträda presidentämbetet den 8 juli.