Även ett mindre antal demonstranter ska ha frihetsberövats.
Enligt hustrun ska oppositionsledaren ha gripits utanför sitt hem i Moskva, ungefär en halvtimme innan protesterna startade.
Navalnyj har manat till protester mot korruption i dag under helgdagen Rysslands dag. I Moskva har man fått tillstånd för en demonstration utanför centrum, men Navalnyj har uppmanat folk att samlas på huvudgatan.
Samtidigt uppges ett mindre antal demonstranter ha gripits vid utgången till en tunnelbanestation i centrala Moskva. De ska ha varit på väg till protesterna, uppger vittnen till Reuters.
Det är inte första gången som Navalnyj frihetsberövas av de ryska myndigheterna. I slutet av mars greps han i samband med landsomfattande protester mot president Putin.