De först inställda avgångarna var kl 8.12 södergående från Gävle, kl 9.49 norrgående från Gävle och kl 14.14 södergående från Gävle.
Alla tre tågen är snabbtåg.
Passagerarna hänvisas till andra avgångar istället, SJ har förlängt andra tåg för att få plats med alla extra passagerare.
– Men vi har bestämt att köpta biljetter gäller på alla våra tåg idag, säger SJ:s presstalesman.
Orsaken till de inställda tågen beror på att en snöröjningsmaskin spårade ur och blockerade banan på fredagen. Även om snöröjningsfordonet är borta nu så befann sig ett antal passagerartåg på fel platser i landet när trafiken skulle dra igång på lördagmorgonen.
På eftermiddagen ställdes ytterligare ett tåg in. Det rör sig om en dubbeldäckare som skulle gått från Linköping kl 13.19 och varit framme i Gävle (slutstation) kl 16.50.
Passagerarna hänvisades till ett senare tåg från Linköping med byte till buss i Stockholm. Räkna med att ankomsttid till Gävle kommer vara ett par timmar senare än kl 16.50.