Detta kan påverka årets planerade jakt från januari.
– Jag tror att de får tänka ett varv till på Naturvårdsverket, säger Tom Arnbom, rovdjursexpert på Världsnaturfonden WWF.
Planen för 2015 är att ett 40-tal vargar ska skjutas i de vargtäta länen Dalarna, Örebro och Värmland. Men domstolsbeslutet, som visar att Naturvårdsverket gjorde fel förra året, kan ändra planerna.
– Jag är glad att vi vann, men jag tycker det är tråkigt att vi hamnade i situationen. Att vi behöver påpeka att myndigheterna gör fel och att domstolarna tolkar på samma sätt som vi, det tycker jag är allvarligt, säger Tom Arnbom.
Det var WWF, Svenska Naturskyddsföreningen och Svenska Rovdjursföreningen som överklagade beslutet.
Vägledande beslut
Förvaltningsrätten underkänner Naturvårdsverkets tolkning av vad som krävs för att göra undantag från EU:s art- och habitatdirektiv. De anser att beslutet att tillåta jakten 2013 saknade vetenskapligt underlag.
– Vi väntar på att se hur Naturvårdsverket kommer att använda det här beslutet. För det är vägledande.
Så om det blir någon vargjakt i år återstår att se. I Dalarna lutar det åt att jakten stoppas, medan beslut om Värmland och Örebro fortfarande är under handläggning till den 12:e januari.
Kanske överklagar
Nu tittar Naturvårdsverket på hur de ska hantera förvaltningsrättens beslut.
– Vi får titta på beslutet och fundera på vad det innebär. Det finns möjlighet att överklaga det här och i dag vet vi inte om vi kommer göra det, säger Gunilla Skotnicka, sektionschef på Naturvårdsverket.
Om de överklagar kan det innebära att det inte blir något jaktstopp.
– Naturvårdsverket kanske inte kommer stoppa jakten, men det kommer definitivt ge mer bränsle åt EU om de svenska myndigheter går vidare med jakten trots domstolsbeslut, säger Arnbom.