Johnson hittills opublicerade krönika skrevs i februari, och han varnar för att brexit skulle kunna leda till ekonomisk chock, självständighet för Skottland och rysk aggression.
Bara två dagar senare bytte han fot och skrev i en ny krönika, som publicerades och chockade dåvarande premiärminister David Cameron, att ett EU-utträde vore det bästa för landet.
The Sunday Times slår nu upp utdrag ur den första krönikan stort, och enligt The Independent kommer avslöjandet också i en ny bok av Times politiske chefredaktör Tim Shipman.
En talesperson för Johnson vill inte kommentera nyheten för nyhetsbyrån Reuters. Men en källa säger att det som hänt var att Johnson lutade starkt mot brexit när han skrev sin ”bremain”-krönika, men ”ville klargöra för sig själv att han testat alla argument”.
Efter det att han skrev den första krönikan, tyckte Johnson att argumenten för att stanna inte gick ihop, enligt källan.
”Det här är en marknad vid vår dörr, redo för ytterligare exploatering av brittiska företag. Medlemsavgiften verkar ganska liten för all denna tillgång. Varför är vi så fast beslutna att vända ryggen till det?,” skriver Johnson bland annat.
Fakta: Brexit
Brexitförespråkarna vann folkomröstningen den 23 juni med 51,9 procent av rösterna, medan 48,1 procent röstade för att stanna. Resultatet innebär att lämna-sidan vann med mer än en miljon röster.
Det officiella valdeltagandet var 72,2 procent.
Det överraskande beskedet sände chockvågor ut i världen, bland annat rasade världens aktiemarknader. Och bara ett par timmar efter valresultatet meddelade premiärminister David Cameron att han skulle avgå.
Cameron ersattes i juli som partiledare och premiärminister av Theresa May, som tidigare var inrikesminister.
Boris Johnson var frontman för brexitsidan, och draget att utse honom till Storbritanniens utrikesminister gjorde många förvånade. Han är också känd för plumpa, rasistiska och sexistiska uttalanden och andra fadäser.