I staden Tanta ska minst 27 människor ha mist livet och minst 78 skadats. I Alexandria dödades 17 människor, varav tre poliser, och 48 skadades, enligt Egyptens socialdepartement.
Båda kyrkorna ligger i Nildeltat och de koptisk-ortodoxa församlingarna firade palmsöndagen, minnet av Jesu intåg i Jerusalem.
I Mar Girgis-kyrkan i Tanta, mellan Alexandria och huvudstaden Kairo detonerade sprängladdningen inne i kyrkan mitt under firandet.
– Det var blod över hela golvet och kroppsdelar utspridda, säger en kvinna som befann sig inne i kyrkan i Tanta till nyhetsbyrån Reuters.
– Det var en mycket kraftig explosion i salen. Eld och rök fyllde rummet och skadorna var extremt allvarliga, berättar en annan kvinna, Vivian Fareeg.
Fördömer dåden
Vid Markuskatedralen i Alexandria – där den koptiska kyrkans påve Tawadros II hade deltagit i mässan – inträffade en explosion utanför byggnaden, några timmar efter den första detonationen. Tawadros var kvar i byggnaden, men skadades inte.
Terrorrörelsen IS påstår via ett av sina propagandaorgan att den utförde dåden i Tanta och Alexandria med självmordsbombare.
Undantagstillstånd i landet
Wahby Lamie, som förlorade en släkting i explosionen i Tanta, är arg och förtvivlad.
– Hur länge till ska vi vara så här splittrade? Alla som är annorlunda än dem betraktas som hedningar, vare sig de är muslimer eller kristna. Hur länge till ska de här människorna finnas? Och hur länge till ska säkerheten vara så här bristande?
Egyptens president Abd al-Fattah al-Sisi fördömer dåden och har beordrat ut militär för att skydda ”vital och viktig infrastruktur” över hela landet. I ett uttalande säger han att ”attacken kommer bara att stärka beslutsamheten att fortsätta kursen mot säkerhet, stabilitet och mångsidig utveckling”.
Han ska också införa undantagstillstånd med anledning av terrordåden, säger han i ett tal i presidentpalatset enligt nyhetsbyrån AFP. Undantagsståndet, som kommer att löpa i tre månader är tänkt att träda i kraft inom kort. Det innebär bland annat att polisen får utökade befogenheter när det gäller gripanden och övervakning.
Pressad minoritet
I december utsattes kopternas största katedral, i Kairo, för ett bombdåd. Det attentatet var det allvarligaste på flera år mot Egyptens kristna. Många av de närmare 30 dödsoffren och cirka 50 skadade i december var barn.
Det finns en mängd kristna minoriteter i Egypten. Kopterna är den största gruppen. I många år har Egyptens kristna känt sig pressade av attentat utförda av företrädare för militanta inriktningar av islamism.
Det faktum att kyrkliga ledare uttryckte stöd för militärkuppen 2013 har också ökat spänningarna över religionsgränsen. När militären ingrep 2013 var det Muhammad Mursi, medlem av Muslimska brödraskapet, som blev avsatt som president – och han hade nått posten genom allmänna val.
Påven till Egypten
I grova drag brukar andelen kristna i Egypten anges till en tiondel av befolkningen, men utvandring gör att gruppen minskar.
Den romerskkatolska kyrkans överhuvud påve Franciskus, som höll mässa vid Peterskyrkan i Rom, fördömde det förmodade attentatet i Tanta; händelsen i Alexandria hade då inte inträffat ännu. Påven riktade också en vädjan till bland andra vapentillverkare om stopp för dödliga vapen.
Franciskus – som inte är överhuvud för kopterna – ska enligt tidigare planer besöka Egypten i slutet av månaden. Han kommer att träffa både religiösa ledare och president Abd al-Fattah al-Sisi.