Kravallpolis finns på plats under utrymningen, men grekiska myndigheter har sagt att flyktingarna och migranterna inte kommer att tvingas därifrån med våld.
– Operationen inleddes runt klockan fyra i morse GMT och sker i stillhet och i en lugn atmosfär. Det har inte funnits behov att bruka något våld, säger regeringens talesperson Yiorgos Kyritsis till nyhetsbyrån AFP.
Media är förbjuden
Frilansjournalisten Marianna Karakoulaki, har gömt sig i lägret trots att polisen sedan i går försökt köra ut alla volontärer och journalister.
–Polisnärvaron är helt enorm. Det finns runt 1.400 poliser i Idomeni och extraresurser har tagits in från hela Grekland, bland annat kravallpoliser från Aten. Helikoptrar har också cirkulerat över Idomeni sedan i går, berättar hon för nyhetsbyrån TT.
Under den tio dagar långa insatsen ska flyktingar bussas till flyktingförläggningar i bland annat Thessaloniki.
–Där har fler och fler läger öppnats den senaste veckan. Journalister släpps inte in där, men från vad jag har hört av flyktingar där, och volontärer som besökt lägren, är villkoren mycket bättre än i Idomeni, säger Marianna Karakoulaki.
Även den grekiska frilansjournalisten Sofia Papadopoulou befinner sig på plats vid lägrets utkanter och rapporterar om att allt har gått bra hittills under utrymningen.
– Människorna som bott i lägret har samarbetat med grekiska myndigheter, säger hon till SVT.
Humanitär katastrof
Lägret i Idomeni växte till väldigt snabbt när Makedonien stängde gränsen mot Grekland i februari, säger SVT:s migrationskorrespondent Stina Blomgren i Gomorron Sverige.
– De har levt under väldigt svåra förhållanden när det gäller hygien, säkerhet och tillgång till mat. Nyligen sköt också makedonsk polis tårgas för att hindra flyktingar från att ta sig över gränsen.
Hoppas ta sig vidare
Trots de svåra förhållandena vill många stanna kvar vid gränsen.
– Det här är människor som kommer från Syrien, Irak och Afghanistan som hoppas få asyl i Europa. När Makedonien stängde gränsen uppstod en flaskhals här. Många vill inte flyttas till andra platser i Grekland för de hoppas fortfarande kunna ta sig norrut.
Få avvisningar från Grekland
Flyktingarna i Idomeni har i många fall befunnit sig i Grekland en längre tid och omfattas inte av EU:s flyktingavtal med Turkiet, som började gälla i mars.
– EU:s avtal gäller de som kommer från Turkiet till den grekiska ö-världen och det är tänkt att de ska avvisas tämligen omgående. Enligt avtalet ska en syrier i Turkiet flygas till Europa i utbyte. Men hittills är det väldigt få flyktingar som har avvisats och få som har flugits till Europa. Många ifrågasätter om det här avtalet kommer att fungera, säger Stina Blomgren.