Den 74-årige Bashir ses som den andlige ledaren för militanta islamister i Indonesien och avtjänar ett 15-årigt fängelsestraff för att ha finansierat en terrorcell i Aceh-provinsen.
”Jihad är det enda sättet att stoppa denna massaker” sade Bashir i ett brev till Burmas president Thein Sein.
I juni dödades 80 personer i våldsamheter mellan muslimer och buddhister i delstaten Rakhine. Enligt människorättsgrupper öppnade burmesiska säkerhetsstyrkor eld mot rohingya-muslimer, som försökt fly landet i tiotusentals.