Domen gällde förskingring av pengar från en timmerfirma, men Navalnyj själv säger att det handlar om politik och att syftet har varit att hindra honom från att kandidera i val.
Europeiska domstolen för mänskliga rättigheter (ECHR) underkände tidigare i år hanteringen av fallet. Och HD i Moskva upphäver nu domen och skickar tillbaka målet till lägre instans.
Presidentval väntas i Ryssland under 2018. Putin väntas ställa upp för omval, och är stor favorit.
Navalnyj är inte helt nöjd med HD:s beslut.
– Formellt borde de ha strukit hela målet, men de har skickat tillbaka det för ny behandling, säger han.
– De hindrar min politiska gärning, jag borde frikännas.