Enligt säkerhetskällor handlar det om ett allvarligt försök att utrymma de läger som de protesterande Mursi-anhängarna har upprättat i Kairo.
Polisen har spärrat av gatorna runt omkring och skottlossning hörs i området, enligt BBC.
Många ska ha dödats i samband med att att säkerhetsstyrkorna stormade lägren.
Inrikesdepartementet uppger enligt CNN att 35 personer har dött medan AFP har räknat till 43 döda.
Enligt det Muslimska brödraskapet handlar det om långt fler. Brödraskapets talesman al-Haddad twittrar om 600 döda i samband med röjningsaktionen.
– Det här var ju det scenario som ingen egentligen ville se, att egyptier dödar egyptier. Vi hör nu från lägren som talar om brott mot mänskligheten, säger SVT:s Susan Ritzén, på plats i Kairo.
Bildt fördömer
Sveriges utrikesminister Carl Bildt (M) fördömer dagens aktion i starka ordalag. I ett inlägg på Twitter skriver Bildt att han ”fördömer dödandet och våldet”, och lägger ansvaret ”huvudsakligen” på regeringens styrkor.
Den svenske utrikesministern understryker att händelserna ytterligare försvårar arbetet med att få igång en politisk process..
Röken ligger tät
Tv-bilder visar att röken ligger tät över lägren. Enligt den statliga nyhetsbyrån Mena planerar säkerhetsstyrkorna att skingra demonstranterna ”etappvis”.
Inrikesdepartementet säger i ett uttalande att säkerhetsstyrkorna vidtar ”nödvändiga åtgärder” mot demonstranterna vid Rabaa al-Adawiya-moskén och Nahda-torget, rapporterar BBC.
Demonstranterna erbjöds möjligheten att ge sig av under ordnade former och kommer inte att jagas, om de inte är efterlysta, heter det. Departementet vill ”inte spilla egyptiskt blod”.
Motstridiga uppgifter
Enligt statlig tv har demonstranter skjutit mot säkerhetsstyrkorna inifrån Rabaa al-Adawiya-lägret, rapporterar flera medier.
Demonstranterna förnekar att det finns vapen och ammunition i lägret, medan myndigheterna säger att beväpnade personer har gripits.
Från regeringshåll förnekar man att säkerhetsstyrkorna använt skarp ammunition. Det motsägs av både demonstranter och ögonvittnen.
Samtidigt kommer också rappoter om att säkerhetsstyrkor har hindrat utsända journalister från att rapportera utanför Rabaa al-Adawiya-lägret. En journalist från al-Jazira säger sig exempelvis ha fått sin utrustning sönderslagen.
Enligt al-Jazira har militär och polis vid 8.30-tiden helt röjt Nahda-torget på demonstranter.
Muslimska brödraskapets tv uppmanar enligt BBC folk att komma med bilar till lägren, för att hjälpa till att föra skadade till sjukhus.
”Alla är på helspänn”
Insatsen mot lägren var väntad, men lär spä på Mursianhängarnas ilska och fördjupa krisen i Egypten. Enligt AFP har all tågtrafik i landet stoppats för att hindra en spridning av oroligheterna och för att göra det svårare för ytterligare demonstranter att ta sig till Kairo.
Demonstranter har börjat samlas i Alexandria, Suez och Assuan, rapporterar BBC.
Kyrkor ska också ha satts i brand i centrala Egypten, rapporterar den statliga nyhetsbyrån Mena. I Sohag, en stad med stor koptisk befolkning, ska en kyrka ha bränts ned till grunden efter att angripare kastat brandbomber mot den.
De egyptiska myndigheterna har flera gånger hotat att tömma de tältläger som Mursi-anhängarna inträttat på flera håll i Kairo, främst vid Rabaa al-Adawiya-moskén. Hittills har hoten dock inte verkställts, även om sammanstötningar mellan demonstranterna och andra grupper förekommit, senast i går.
Sent i går berättade SVT:s Mellanösternkorrespondent Susan Ritzén om läget i Kairo:
– Alla är på helspänn. Alla bråkar med alla. Nerverna är utanpå och folk anser att det är nog nu.