Det uppmärksammade utslaget rev upp ett historiskt beslut i en lägre domstol, enligt vilket det förbud mot homosexualitet som funnits sedan kolonialtiden upphävdes.
Enligt Högsta domstolen ska frågan inte avgöras av rättsväsendet utan i landets parlament.
– Det är upp till parlamentet att stifta lagar som rör den här frågan, sade domare G S Subghvi efter beslutet.