Komikern, som ofta häcklar makten, president Muhammad Mursi och muslimska fundamentalister i tv-programmet Albernameg, anklagas bland annat för blasfemi.
Youssef släpptes mot borgen. Efteråt meddelade han via sociala medier att han är anklagad för tre separata brott, medan ett fjärde utreds.
Rättsfallen röner uppmärksamhet då de anses hota yttrande- och pressfrihet.