City hade en 1–0-ledning med sig från det första mötet, och tog ledningen även i returmatchen genom Toni Duggan i andra halvlek. Nanna Christiansen kvitterade nästan direkt för danskorna, men närmare än så kom Bröndby inte.
Likaresultatet tar City vidare.
Kosovare Asllani byttes in i 83:e minuten.
Även Rosengård spelade åttondelsfinal under onsdagskvällen. Skånelaget är enkelt vidare till kvartsfinal sedan Gaëlle Enganamouit visat vägen med två mål och en assist i 3-1-vinsten.
Totalt slog de tjeckiska Slavia Prag med 6-1. Caroline Segers Lyon är också klart för kvartsfinal efter hela 12-0 totalt mot Zürich.