Skoog, som har ett personligt rekord på 1,94, inledde med ett säkert hopp på 1,88 och klarade höjden i första försöket. När ribban höjdes fem centimeter kom första rivningen men i försök nummer två gick det vägen för svenskan.
Där tog det dock stopp, 26-åringen var aldrig nära att klara 1,97 och stannade därmed på 1,93.
– Jag kände att jag hade det i kroppen, men det ville sig inte riktigt. Mitt sista försök var det bästa, men en annan gång, säger Sofie Skoog till TV3.
Det blev en delad sjundeplats för Skoog i finalen där hela 17 hoppare var med.
Spansk seger
– Jag är supernöjd över hur jag genomför tävlingen. Det är det bästa jag har upplevt och jag vill göra det igen. Nu får jag vänta fyra år, det är här jag vill vara och det kan man träna hårt för, säger Skoog.
Hon var den sista svenska deltagaren att tävla i Rio och därmed vänder Sverige hem med elva medaljer – två guld, sex silver och tre brons.
Ruth Beitia klarade 1,97 precis som Mirela Demireva och Blanka Vlasic men spanjorskan var den enda utan rivningar och vann därmed OS-guldet.
Demireva slutade tvåa och Vlasic trea.