Den italienske sprintspecialisten Federico Pellegrino tog sig förbi Petter Northug och Martin Johnsrud Sundby på upploppet.
– Jag var totalt slut redan i semin och hade ingenting att ge i finalen, säger Halfvarsson till SVT Sport.
– Jag hade en liten förhoppning om att hitta lite krafter efter semin men det var för kort tid. Jag hade oflyt med den sista kvarten och sista semin. Kände mig inget pigg i dag, säger han och hoppas hitta en bättre känsla inför morgondagen.
Då är det 10 km klassiskt med individuell start som gäller.
Emil Jönsson och Simon Andersson tog sig till semifinal. De övriga svenskarna klarade inte kvalet. Där hade Marcus Hellner det tyngst. Han blev bara 52:a.