Skadegörelsen skedde runt lunchtid på onsdagen – en dag före sommarsolståndet då tusentals personer väntas besöka den mytomspunna stensättningen.
Två personer har gripits, meddelar brittisk polis.
Enligt organisationen bakom aktionen målades stenarna med medel som lätt sköljs bort med vatten.
Stonehenge byggdes någon gång mellan år 3000 och 1600 före Kristus som tempel, begravningsplats eller astronomisk kalender – eller kanske alla tre funktionerna samtidigt. Det klassas som ett världsarv av FN-organet Unesco.
Besökare på platsen försökte stoppa kuppen – se händelsen i klippet.