Enligt en undersökningskommitté beskylls Serebrennikov för att ha förskingrat 68 miljoner rubel, vilket motsvarar 10 miljoner kronor, av statliga medel.
Serebrennikov greps i Sankt Petersburg där han höll på med att göra en film om en artist från Sovjet-eran, rapporterar nyhetsbyrån Reuters.
Samhällskritiken som Serebrennikov gett uttryck för handlar om att staten och kyrkan fått för stort inflytande över ryssarnas liv.
Kanske skulle denna samhällskritik också ha synts i dansföreställningen ”Nurejev”, vars premiär anrika Bolsjojteatern sköts upp ett år i somras. Kirill Serebrennikov regisserade ”Nurejev” och föreställningens öppna och raka skildrande av Rudolf Nurajevs homosexualitet tros ha varit grunden för den uppskjutna premiären.
LÄS MER: Kontroversiell balett om Nurejev ställs in
Enligt Serebrennikovs advokat så tillbakavisar teaterchefen alla anklagelser. Om han skulle fällas för korruption riskerar han tio års fängelse.