Draget kommer efter att den framlidne popikonen anklagas för sexuella övergrepp mot två pojkar i den omtalade dokumentärserien Leaving Neverland.
Avsnittet försvinner från strömningstjänster samt från framtida repriser och fysiska utgåvor av The Simpsons.
– Det känns som det enda riktiga beslutet. De jag jobbar med, och vi ägnar våra liv åt att gräla om skämt, var helt eniga om det här, säger exekutive producenten James L Brooks till The Wall Street Journal.
Avsnittet Stark raving dad sändes 1991 och räknas som ett av seriens klassiska ögonblick. I det blir Homer inspärrad på ett sinnessjukhus där han möter en grovhuggen murare, som inbillar sig att han är Michael Jackson. Figurens röst var misstänkt lik popstjärnans, men i eftertexterna listades bara gästskådespelaren John Jay Smith. I efterhand har seriens skapare medgett att det faktiskt var Jackson som spelade figuren.