Tjänsten utlyses omgående, enligt ett pressmeddelande från departementet.
Orsaken till avgången är en konflikt mellan Anders Flodström och utbildnings- och forskningsminister Tobias Krantz om ett nytt kvalitetsutvärderingssystem inom högskolan.
Konflikten har enligt Flodström lett till en förtroendekris som inte går att överbrygga.
-Det är skillnaden i synen på hur man bäst mäter kvalitet i högre utbildning, i kombination med en nära styrning av utvecklingsarbetet som inte är förenlig med relationen politisk styrning och expertmyndighet, som gör att jag väljer att avgå, skriver Anders Flodström i ett pressmeddelande.
Anders Flodström tillträdde som universitetskansler och chef för Högskoleverket den 1 augusti 2007. Han återvänder nu till sin tjänst som professor vid Kungliga tekniska högskolan.
Förankrat
Högskoleverket lade i september i fjol fram sitt förslag till ett system för kvalitetsutvärdering till regeringen.
-Förslaget var förankrat både mot högskolesektorn och mot studenterna. Men så snart vi överlämnat förslaget började regeringens kritik mot det, säger Anders Flodström.
Det startade enligt Flodström en rad diskussioner mellan honom och utbildningsdepartementet som slutade med att departementet lade Högskoleverkets förslag till kvalitetssystem åt sidan och i stället själv tog fram kvalitetspropositionen Fokus på kvalitet.
Ingen granskning av kvalitet
Enligt Flodström innehåller regeringsförslaget inte någon granskning av utbildningarnas kvalitet.
-Jag utsatte den för en ganska öppenhjärtig kritik när den presenterades. Man tänker inte på ett tydligt sätt granska utbildningarnas innehåll, hur de läggs upp, hur man examinerar dem och hur utbildningarna förhåller sig till arbetsmarknaden, säger han.
Anders Flodström säger att han själv valt att avgå.
-När regeringens proposition klubbades den 28 maj såg jag situationen som ohållbar. Jag tror inte på förslagen och då är det svårt att sitta kvar, säger han.
Flodström har tackat ja till ett utredningsuppdrag i utbildningsdepartementet. Han ska på halvtid utreda fördelning av forskningsmedel till universitet och högskolor.
Stöd inom högskolevärlden
Sveriges universitetslärarförbund (Sulf) beklagar Anders Flodströms avgång. Förbundet har under våren skarpt kritiserat arbetet med det nya systemet för kvalitetsutvärdering.
-Tyvärr finns klyftan mellan sektorn och departementet kvar och vi är oroliga för vad som kommer att ske när det nya kvalitetssystemet ska införas. På sikt skadar det här Sveriges högre utbildning, säger Sulf-ordförande Anna Götlind.
Flodström har också stöd bland studenterna. Klas-Herman Lundgren på Sveriges förenade studentkårer (SFS) anser att Flodströms avgång är mycket bekymmersam.
-Vi tycker att han har gjort ett bra arbete och under senaste året drivit många bra frågor när det gäller antagningsreglerna till högskolor, breddad rekrytering och utbildningskvaliteten i stort, säger han.
TT