I stället blir han vd för Intergovernmental Oceanographic Commission (IOC) och assisterande generaldirektör för Unesco. Han tillträder den nya tjänsten den 1 mars 2024.
“Det har inte varit ett lätt beslut”, säger Vidar Helgesen i en kommentar.
Stiftelsen har inlett arbetet med att rekrytera hans efterträdare.
Nobelstiftelsen och Vidar Helgesen hamnade tidigare i höstas i blåsväder sedan stiftelsen beslutat att bjuda in Rysslands, Irans och Belarus ambassadörer till årets nobelprisutdelning i Konserthuset i Stockholm.
Beslutet möttes av skarp kritik, vilket fick stiftelsen att tvärvända och porta ambassadörerna.