Rektorn fick information om att allt kring flickan inte stod rätt till och vände sig till socialen, men fick då besked om att vårdnadshavare fanns.
– Han lät sig nöjas med det, säger Maria Persson, barn- och ungdomschef i Karlskrona.
Kommunledningen kallade på på måndagskvällen till en presskonferens sedan nya uppgifter om skolans agerande kommit fram.
Enligt kommundirektör Ingrid Augustinsson Swennergren missade rektorn att uttrycka den oro som fanns på skolan i samtalet med socialen.
– Alla som jobbar inom skola och förskola har en skyldighet att anmäla misstänkta missförhållanden, säger hon.
Skolans rektor tas efter det inträffade nu ur tjänst efter överläggningar med hans fackliga organisation.
– Han är förkrossad över det inträffade, säger Maria Persson.
Enligt kommunen ska avstängningen inte ses som en disciplinär åtgärd, men rektorn bör inte finnas på skolan i samband med alla turer utreds.
– Det är också av omsorg om rektorn som han stängs av, säger Maria Persson. Han är en mycket duktig rektor som jag har stort förtroende för. Han har gjort ett mycket bra arbete på Tullskolan.
Sedan tidigare har en handläggare på socialkontoret tills vidare fått andra arbetsuppgifter sedan hon missat en larmrapport från Blekingepolisen i ärendet.
Den externa utredning som kommunen beslutat om ska vara klar till den 30 juni.