Enligt åtalet som lämnades in under tisdagen ska mannen, tillsammans och i samförstånd med andra, ha avrättat två obeväpnade personer i Syrien under 2015.
Han åtalas även för ett fall av krigsförbrytelse för att på offentlig plats allvarligt skändat en enligt krigets lagar skyddad avliden person.
– Åtalet rör väldigt allvarliga brott begångna under kriget i Syrien. Utredningen har varit omfattande och komplicerad och förhör har genomförts i flera olika länder, säger kammaråklagare Reena Devgun, i ett pressmeddelande.
Utredningen har bedrivits av polis och åklagare i både Sverige och Belgien, i nära samarbete med Tyskland och även med hjälp av Turkiet.
Mannen nekar till brott.
Hör mer om de misstänkta brotten i klippet ovan