Olyckan skedde ombord på det danska flaggskeppet Absalon under måndagseftermiddagen, enligt ett pressmeddelande från den danska försvarsmakten.
Mannen ska enligt uppgift ha klämt huvudet i en lucka och ådragit sig allvarliga skador. Räddningshelikopter tillkallades, men mannen förklarades död på platsen.
– Det är tal om en tragisk olycka, och mina tankar går till de anhöriga som i dag har fått det värsta beskedet av alla, och till besättningen och andra kollegor som har mist en kollega och kamrat, säger konteramiral Torben Mikkelsen, chef för danska Marinstaben, i pressmeddelandet.
Övning slutförs som tänkt
Olyckan ägde rum nordöst om Bornholm, och anhöriga är informerade.
– Det är väldigt tråkigt. Det hände ombord på fartyget, och danska försvaret och myndigheter tar hand om ärendet nu. Men övningen kommer att slutföras som tänkt, säger Christian Lövgren, presstalesperson på Försvarsmakten.
För mindre än två veckor sedan avled en polsk soldat efter att ha ramlat i vattnet i Örlogshamnen i Karlskrona.
LÄS MER: Sjöman drunknade i samband med militärövning
Northern Coasts är en stor militärövning med marint fokus som i år utgår från Karlskrona. Totalt deltar omkring 5 000 personer från flera Östersjöländer, samt ett antal Nato-länder.