De två männen var på väg att lämna hamnen när de stoppades och personal vid färjeläget hittade ål i deras bil.
– Vi misstänker att den är olagligt fiskad, säger Joel Holmgren, åklagare.
Männen anhölls under söndagen och misstänks för grovt brott mot fiskelagen.
– Det rubriceras som ett grovt brott på grund av mängden ål och att arten är en skyddsvärd fisk, säger Joel Holmgren.
Åklagaren vill inte gå ut med detaljer kring beslaget eller hur mycket ål som hittades i bilen.
Utredningen har letts av NOA – polisens nationella operativa avdelning. Insatsen var ett samarbete mellan polisen, Kustbevakningen och Tullverket.