Larmet om olyckan kom vid 10-tiden. Kollisionen hade inträffat på en transportled på Åreskutan.
Skoterföraren flögs till Östersunds sjukhus med ambulanshelikopter och vårdas med allvarliga skador.
Pistmaskinsföraren fick uppsöka hälsocentral för kontroll.
Polisen har inlett en utredning, exakt brottsrubricering är inte fastställd i nuläget, men flera förhör kommer att hållas.