Levi Bergström, vice ordförande i kyrkostyrelsen, säger att Lars Friedner och kyrkostyrelsen har olika åsikter om behovet av att förankra beslut i styrelsen. Därför var båda parterna överens om att han skulle sluta.
-Det kan vara en fråga som han tar beslut om utan att vidtala vare sig ordföranden eller någon annan i styrelsen, säger Levi Bergström till TT.
Han vill inte närmare gå in på vilket eller vilka beslut det skulle röra sig om.
Levi Bergström säger att det väntar några hårda ekonomiska år för Svenska kyrkan. Därför är det viktigt att kyrkokansliet leds av någon som har kyrkostyrelsens förtroende.
-Kyrkomötet har konstaterat att på nationell nivå ska vi de två närmaste åren begränsa kostnaderna med minst 60 miljoner kronor.
Även Gunnel Ahlberg, personalchef vid kyrkokansliet, har lämnat sin tjänst på egen begäran.
Enligt uppgifter till Kyrkans Tidning finns det ett samband mellan att Friedner och Ahlberg slutar och hur personalneddragningarna på kyrkokansliet i Uppsala har hanterats.
-Det är ingenting jag känner till, säger Levi Bergström.
TT har sökt Lars Friedner för en kommentar.
TT
Svenska kyrkan
* Nästan 6,7 miljoner personer var medlemmar i Svenska kyrkan förra året.
* Under 1972 var cirka 95 procent av befolkningen eller närmare 7,8 miljoner personer medlemmar.