Olyckan inträffade mellan Gransjö och Sandträsk norr om Boden och tågtrafiken stoppades på sträckan. Räddningstjänsten evakuerade samtliga passagerare från tåget och inledde sitt arbete med losstagning av de två drabbade i personbilen.
Senare uppgav polisen att de avlidit och att anhöriga underrättats.
– Berörda har hörts på platsen, i nuläget har vi inga uppgifter om brottsmisstanke, säger polisens kommunikatör Maria Linné.
Ingen tågresenär skadad
Ingen resenär på persontåget ska vara skadad enligt SJ.
– Det handlar om ett 40-tal resenärer, vad vi har fått uppgifter om är ingen skadad. Tåget står kvar på rälsen, vad vi vet finns inga indikationer på urspårning, säger Lina Edström på SJ:s presstjänst.
Tågpassagerarna fördes med ersättningsbuss vidare mot Kiruna.
En polishelikopter har varit i luften för att dokumentera olycksplatsen.