Planet, som är av typen M-55 Geophysica, landade den 15 april. Det hade hyrts in av ett tyskt forskningsteam för att användas i ett EU-projekt.
Det ryska planet hade tillstånd att genomföra flygningar över svenskt luftrum mellan den 23 mars och den 15 april. Den ryska ambassaden hade ansökt om en förlängning till den 29 april, men fått avslag.
Orsaken till det är att svenska försvarsmyndigheter ansåg att det fanns en risk för spioneri, uppger flera källor för tidningen.
I området som planet bland annat skulle flyga över ligger basen Vidsel där vapensystem provskjuts. Enligt Dagens Nyheters källor skulle det genomföras hemliga robotskjutningar under den aktuella perioden.
– Vi hade planerad verksamhet, men den genomfördes inte. Att den inte genomfördes hade inte med verksamheten i Kiruna att göra utan det hade andra orsaker, säger Mats Hakkarainen, chef för Vidselbasen, till tidningen.
Under samma period hölls även en övning på flygvapnets krigsbas i Jokkmokk som också låg längs den ryska flygrutten.
Planet uppmanades att lyfta från Kiruna vid flera tillfällen, men den ryska ambassaden svarade med att hänvisa till tekniska problem. Först den 21 april lämnade det svenskt luftrum.