Larmet kom in vid klockan 08.20 på onsdagen.
Kollisionen skedde vid en plankorsning med ljus och ljud men inga bommar, uppger Trafikverket.
Vid kollisionen slungades hjullastaren bort från själva rälsen och hamnade upp och ner i terrängen.
– Det är en allvarlig olycka, det är vad jag kan säga i nuläget, sa Marie Andersson, vid polisens regionledningscentral i ett initialt skede.
Under eftermiddagen bekräftade polisen att mannen som körde hjullastaren har avlidit.
Stopp i tågtrafiken
Räddningstjänsten på plats fick ta till extra säkerhetsåtgärder då det fanns farligt gods på tåget.
– Tåget fraktar kolvätegas men det verkar inte vara något läckage därifrån. Däremot har det läckt ut hundra liter diesel från hjullastaren, berättade SOS-operatören.
Bärgningen av hjullastaren påbörjades under förmiddagen och olyckan orsakade stopp i tågtrafiken mellan Gällivare och Nattavaara, men under onsdagskvällen började tågen rulla igen.
Ärendet hanteras som vållande till annans död, men i nuläget är ingen misstänkt för brott.