Niggli vann den avslutande jaktstarten med en minut och 34 sekunder, men då Alexandersson hade 1.59 till godo inför avslutningen höll svenskan undan.
Niggli vann därmed fyra av fem etapper, men hennes tidstapp på den allra första etappen över lång distans avgjorde. Skön seger för Alexandersson som i fjol tappade ledningen sista dagen.
Annika Billstam blev totaltrea, cirka tio minuter efter tätduon.
Fransmannen Thierry Gueorgiou vann herrklassen överlägset trots 7:a i dag.
Hans segermarginal blev till slut hela 8.34 till William Lind från Skogsmårdarna i Malung, som avancerade en placering i jaktstarten och blev tvåa.
– Har försökt att vinna O-ringen många gånger, så det här kommer jag att minnas länge, sade Gueorgiou efter sin första seger i orienteringsklassikern.
Tredjeplatsen i herrklassen gick till Peter Öberg, OK Hällen Stigtomta, som vann en spurtstrid mot Gustav Bergman från Nackaklubben Ravinen. Peter Öberg sprang i mål 11.03 efter segraren.