Männen, 18 och 21 år är vänner. De greps under tisdagen och anhölls kort därefter.
Polisen misstänker att männen tuttade på ett soprum i anslutning till Vasagymnasiet den 10e augusti. Därefter spred sig lågorna över taket innan räddningstjänsten kunde släcka den.
Ger vissa medgivanden
Dessutom är de skäligen misstänkta för att ligga bakom de bombhot som riktades mot Stureskolan i Arboga tidigare i veckan. Brottsrubriceringen är olaga hot.
– De ger vissa medgivanden i båda fallen, säger Lars Rogenfeldt, chef för utredningssektionen vid polisen i Västra Mälardalen.
Männen har i nuläget ingen koppling till vare sig Stureskolan eller Vasagymnasiet. Om de har gått där tidigare är oklart. De förhörs under torsdagen.
På Stureskolan har undervisningen återupptagits efter att man hållit den stängd under måndagen och tisdagen.