Det rör sig om två kranier som representanter från universitetets anatomiska institution köpte för ett pund på en auktion i London i slutet av 1800-talet.
Överlämnandet skedde under en ceremoni i Universitetshuset där rektor Göran Bexell och Australiens Stockholmsambassadör Howard Brown undertecknade ett avtal.
Det här är andra gången som Lunds universitet återbördar skelettdelar. För tre år sedan tog judiska församlingen emot kraniet från den judiske mannen Lewin Dombrowski. Inom kort väntas både samiska och romska organisationer komma med liknande krav.
Australiens regering har satsat fyra miljoner dollar (drygt 23 miljoner kronor) på sådana så kallade repatrieringsärenden. Runt om på museer och forskningsinstitutioner världen över finns mellan
2 000 och 4 000 aboriginska kvarlevor som den australiska urbefolkningen av symboliska, traditionella och historiska skäl vill ska återbördas till fäderneslandet.