Vid 02-tiden stoppades en bil på Stockholmsvägen med två personer i av polisen. I bilen hittades en misstänkt bomb.
Nationella bombskyddet kallades till platsen och både tåg- och biltrafik stoppades.
– De två personerna i bilen är gripna, misstänkta för förberedelse till grov allmänfarlig ödeläggelse, säger Mikael Holmström, jourutredningsbefäl vid polisen i Malmö till SVT Nyheter Skåne.
Stockholmsvägen mellan Midhem och trafikplats Sege stängdes av i båda riktningarna, liksom del av tågtrafiken. Tågen började åter rulla klockan 04.35.
Vid 06-tiden hävdes avspärrningarna. Polisen bekräftar senare under morgonen att bomben var skarp.
– Vår bedömning är att vi i och med fyndet i bilen förhindrat sprängdåd i Malmö, säger Nils Norling, presstalesperson hos polisen i Malmö.
En av de gripna, en tonårspojke i åldern 15-18 år, är nu anhållen. Ytterligare förhör ska hållas med den andra gripne personen som är i 20-årsåldern.