Division 2-matchen mot Värmdö, som skulle ha spelats i söndags, sköts upp efter att en av ledarnas bil vandaliserats och hotlappar satts upp.
Nu avgår de två ledarna som hoten och kraven riktats mot.
– Vi har bestämt oss för att sluta och vi är besvikna över att man inte står upp mot det här, säger en av ledarna.
Beklagade beslutet
Klubben har i några dagar lagt all seniorverksamhet på is efter incidenten, även om matchen mot Haninge nu på lördag ska spelas.
Hoten är polisanmälda och polisen har inlett en förundersökning i ärendet.
SVT Nyheter Södertälje har sökt klubben hela dagen, utan resultat.