Bland bevisningen som lades fram i tingsrätten fanns bland annat kvinnans berättelse samt konversationer i mobiltelefoner mellan kvinnan och mannen.
De båda var bekanta.
Hovrätten delar tingsrättens bedömning på bevisningen och fastställer domen. Han döms därmed till tre års fängelse för våldtäkt.
Mannen släpptes på fri fot den 24 januari i väntan på att verkställa sitt straff, efter beslut från hovrätten.
Region Sörmland uppger för SVT att mannen själv numera har avslutat sin tjänst.
Den tidigare chefen har hela tiden nekat till brott.