Passagerarantalet ökade till 8 430 att jämföra med drygt 3 200 passagerare i maj, enligt siffror från Tranportstyrelsen.
Det är samtidigt en bråkdel av de nästan 227 000 passagerare som reste via flygplatsen i juni förra året.
Antalet landningar i Europatrafiken ökade från 22 i maj till 47 på Skavsta i juni. Det kan jämföras med 680 samma månad i fjol.
Ryanair, som länge varit det dominerande flygbolaget på Skavsta, redovisade på måndagen en förlust på motsvarande cirka 1,9 miljarder kronor för perioden april till juni, på grund av coronapandemins inställda flyg.