Kvinnan anmäldes försvunnen i november och tre månader senare hittades hon död i området Brunnby i Upplands Väsby.
Mannen är i 30-årsåldern och greps under söndagskvällen efter att ha varit anhållen i sin frånvaro. Även en kvinna i 30-årsåldern greps, misstänkt för grovt skyddande av brottsling och brott mot griftefrid.
– Det är två personer som är gripna, bekräftar Lars Byström, presstalesperson på Stockholmspolisen för SVT Nyheter Stockholm.
Polisen har varit förtegen kring omständigheterna om hur de misstänkta kvarlevorna upptäcktes och hur länge sedan dödsfallet skulle ha inträffat.