Myndighetens presschef Fredrik Bengtsson säger till Rapport i SVT att det förhållandet aldrig hade accepterats för andra barn.
Han beskriver hur personer möter ankommande till Stockholms central, där Migrationsverket har personal för att ta emot flyktingar. Enligt honom uppmanar dessa personer de nyanlända att inte lita på polisen och Migrationsverket och att i stället följa med dem.
– Det kanske är släktingar som tagit dem med sig. Eller så är det vänner, bekanta eller helt okända människor. Vi vet inte vilka de har gått iväg med och det är djupt otillfredsställande, säger Fredrik Bengtsson till TT.
Socialtjänsten har det övergripande ansvaret för de ensamkommande barnen.
– Det är möjligt att socialtjänsten, Migrationsverket och polisen kan samverka på något sätt så att vi får kontroll över situationen, säger Fredrik Bengtsson och döljer inte att omfattningen av problemet är okänt.
Vid färjeterminalen i Trelleborg har liknande scener utspelat sig. Det har fått Migrationsverket att köra ombord på färjorna med sina bussar för att i lugn och ro ge de ankommande korrekt information om asylreglerna.