Tanken är att samarbetet ska ge en lägesbeskrivning av tillståndet för miljön i Mälaren och varna för eventuella störningar och om det finns risk för att ekosystemet eller människors hälsa kan skadas.
Forskarna kommer också att titta på algblomningens utbredning.
– Det ringer alltid folk varje säsong och undrar om algblomning, säger Ingrid Hägermark, sekreterare i Mälarens vattenvårdsförbund.