Föraren smet efter olyckan, rapporterar Expressen.se.
– Att kvinnan överhuvudtaget lever är nog för att ett vittne plockade upp henne på en båt, säger Marie-Louise Nilsson, stationsbefäl vid Västerortspolisen.
Kvinnan fördes med helikopter till sjukhus där hon opereras för skallskador.
Polisen söker på söndagskvällen utefter stränderna efter både vattenskotern och dess förare och hör även vittnen till händelsen.
– Det här är det värsta scenariot, man är lite orolig för detta varje sommar, säger Marie-Louise Nilsson.
De brottsrubriceringar som kan bli aktuella är dels grovt vållande till kroppsskada, vårdslöshet i sjötrafik samt smitning från sjöolycka.