Larmet kom in till polisen runt halv tre natten mot söndagen, och våldtäkten ska enligt polisen ha skett inomhus.
– Våldtäkten begicks i en bostad och gärningsmännen greps sedan i en annan bostad i Södermalmsområdet, berättar polisens presstalesperson Ola Österling.
Bevis kunde säkras på brottsplatsen och inga ytterligare personer finns involverade i ärendet. Fallet kommer att lämnas över till åklagare som ska fatta beslut om männen ska anhållas.
Vid elvatiden meddelade polisen att en av männen har anhållits av åklagare, den andre har satts på fri fot.