De grova våldtäkterna och sexuella övergreppen mot pojken har skett mellan 2013 och 2018, främst i den nu dömde mannens bostad.
Mannen döms även för barnpornografibrott under samma tidsperiod, ett 40-tal av bilderna han hade i sin ägo föreställer målsäganden.
Förnekar våldtäkterna
Uppsala tingsrätt, som var enhällig i sitt beslut, dömer mannen till 10 års fängelse. Han ska dessutom betala 550 000 kronor i skadestånd till offret.
Mannen frikänns för grov våldtäkt mot barn på en punkt, grovt sexuellt övergrepp mot barn på en punkt samt kränkande fotografering på en punkt.
Han erkänner innehav av barnpornografi, men förnekar våldtäkterna och sexövergreppen.
Den dömde ska stanna kvar i häkte fram till domen vinner laga kraft.