Polisen larmades till platsen strax före klockan 02 under natten till torsdag.
– Det som framkommer vid samtal med den här mannen är att det under tvång utförts en sexuell handling mot honom, säger Jonas Eronen, presstalesperson vid Uppsalapolisen.
Mannen ska också ha tvingats lämna ifrån sig ett bankkort, och händelsen utreds som våldtäkt och rån.
Polisen sökte under natten med flera patruller men har inte hittat någon misstänkt. Man har också jobbat med att säkra spår på platsen och kommer att hålla kompletterande förhör med målsäganden, som inte ska ha varit i behov av sjukhusvård.
Polisen vädjar till allmänheten om tips i jakt på gärningsmannen.
– Om någon gått förbi och sett eller hört får man gärna höra av sig till polisen, säger Jonas Eronen.