Det nationella bombskyddet undersökte även ett område vid tingsrätten med en robot.
– Det är en del av arbetet med hotet, säger Linda Wideberg, polisens presstalesperson.
Något speciellt föremål har inte hittats, såvitt hon vet.
Polisens bombgrupp intresserade sig vid 11.30-tiden för en bil som står parkerad i gränden. Bilens dörrar och baklucka har öppnats.
– En polis undersöker bilen med speglar, de kollar bland annat under sätena – bilen verkar väldig intressant, säger SVT Uppsalas reporter Stefan Larsson på plats.
Den bil som polisens bomgrupp intresserade sig för står registrerad på ett biluthyrningsföretag.